Desde 2000 a região integra a lista mundial de Sítios do Patrimônio Natural da Humanidade. Mais recentemente, discute-se sua inserção na Lista de Zonas Úmidas de Importância Internacional (Convenção de Ramsar).Junto à APA CIP, em seus limites ou entorno, coexistem diversas outras Unidades de Conservação como Parques (Campina do Encantado, Ilha do Cardoso, Intervales, Carlos Botelho, Jacupiranga, Superagui), Estações Ecológicas (Juréia-Itatins, Chauás e Tupiniquins), APAs (Ilha Comprida, Serra do Mar e Guaraqueçaba), Reserva Extrativista do Mandira e Áreas de Relevante Interesse Ecológico (Ilhas oceânicas da Queimada Grande e Queimada Pequena, e Ilha fluvial do Ameixal), como ainda Terras Indígenas guarani (Rio Branco de Cananéia, Serra do Itatins em Itariri e Peruíbe), constituindo, desta forma, um mosaico de Unidades de Conservação.